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在西部荒原的偏僻山野，他的心情是极不平静的，唯有苦涩和滞重。那"触及灵魂"的无情岁月里，裴正学同样遭到了不幸，被列为"黑五类"，免了职，下了乡。

水之有源，山之有巅，不幸之中有万幸。他被下放的两年多时间里，在农村接触到了许多城市医院里很少见的疑难杂症，有了更多的临床实践经验。同时，他亲眼见到中草药和一些偏方的神奇威力，一节草药藤炖鸡，就可以根治肺结核。裴正学收集和寻得了不少这样神奇的秘方和验方。1972年，34岁的裴正学在全国新出版的中医杂志《新中医》上发表了他的第一篇关于治疗疑难杂症的论文"桃仁承气汤治疗暴发性痢疾"，使他的中医药水平上了一个新台阶。

多年来，裴正学一直坚守"西医诊断，中医辩症，准确诊断，精心治疗"的行医规范，每接诊一位患者，他都要一丝不苟地诊断，观察，随时掌握病人病情的变化，进而认真分析、反复校正，力求准确无误地掌握每一位患者的临床特征和发病机理。

连城铝厂女职工李月桂，40岁，在南方某地开会时，突然失血性休克、昏迷，被当地医院诊断为急性白血病。后转入甘肃某医院治疗，持续高烧，多次出现深度昏迷，血色素下降到6克。主治医生长叹说："就治到这吧，别再破钱财了，病人再挺不过几天了……"省内几家医院都因病情恶化，不能控制而拒收。家属心急如焚，几经周折才找到裴正学，请求治疗。裴正学经过细心诊断后确诊为亚急性变异性败血症，采取果断措施对症下药，病人4天后退烧，治疗40天后基本恢复了正常。

漂泊数十载，裴正学焚膏继晷、刻苦探幽，稳健地越过了一个又一个横杆，总结出了一整套运用中西结合准确诊断和有效治疗的新办法。1985年，他被任命为甘肃省新医药研究所副所长；不久，又担任了甘肃省肿瘤医院副院长。1987年，破格晋升为主任医师。同时，凝结着他心血的五本医学专著也先后问世：《血证论评释》、《新编中医方剂学》、《大黄的药理与临床》、《瘟病学》、《乙型肝炎的诊断和治疗》等。还有60多篇医学论文，在省内外医学界引起了广泛关注。